La estructura de la FCAG, está organizada en Secretarías, con funciones y áreas de influencia determinadas.
Cada una de ellas tiene tareas específicas que responden a los objetivos planteados de la Facultad y, en conjunto, establecen relaciones con la comunidad de influencia que forman parte de ella. Las secretarías que componen la estructura de la Facultad son:
- Secretaría de Asuntos Académicos
- Secretaría de Bienestar Estudiantil
- Secretaría de Extensión
- Secretaría de Ciencia y Técnica
- Secretaría de Posgrado
- Secretaría Administrativa
- Planetario
- Museo de Astronomía y Geofísica
